En 2006, une série de production limitée de véhicules a été élaborée pour les clients privés à la recherche de l’expérience de piste ultime. La version Corse de la MC12, destinée à la conduite sur piste hors compétition, était inspirée de la voiture de course MC12 GT1, grande gagnante du championnat mondial d’endurance FIA GT de 2005. Elle n’a jamais été en règle pour la route ni limitée par les règlements techniques des courses GT internationales et était la forme la plus pure d’une voiture de piste spécialement construite pour livrer un rendement véritablement exaltant. Avec une puissance de 755 chevaux, le moteur V12 à aspiration naturelle de la Versione Corse était plus puissant que les unités utilisées pour le véhicule routier Stradale et la voiture de course GT1, puisque des restricteurs d’aspiration d’air, obligatoires pour la course, n’imposaient pas de limites. Son poids était d’un peu plus de 2 500 livres et elle pouvait accélérer de 0 à 200 km/h (124 mi/h) en seulement 6,4 secondes. Un total de seulement 13 exemplaires ont été construits : un prototype et 12 voitures destinées aux clients.